З Грамоти 1552 року відомо, що в ті часи в районі сучасної Пирогівки існував перевіз через Десну, який називався Путивльським (імовірно, за назвою села Путивськ, розташованого поруч). Сама ж Пирогівка вперше згадується в універсалі гетьмана Дем'яна Многогрішного у 1669 р. На той час село належало Скоропадським. В 1732 р. царську грамоту на село отримав поміщик Холодович (або Холодовський).
Дерев'яна церква Покрови Богородиці (за іншими даними - церква Іоанна Богослова) споруджена у 1777році коштом тогочасного власника Холодовського. Храм споруджено на мурованому фундаменті, її стіни обшиті прямовисними вертикальними дошками за тодішньою традицією Лівобережної України. За дошками ховаються дерев'яні зруби.
Церква у Пирогівці п’ятизрубна, хрещата, одноверха. Усі її складові прямокутні: центральний - вдвічі вищий від бічних, увінчаний двозаломним верхом вишуканого барокового силуету на високому наметовому даху. Рамена хреста укриті шпилястими дахами з масивними трикутними фронтонами на чолових гранях.
У ХІХ столітті із західного боку храму спорудили дзвіницю типу четверик на четверику з не дуже пропорційним співвідношенням елементів.
